Места заключения
Петроград, Царское Село, Александровский дворец 
Год начала 1917 
Месяц начала 5 
Год окончания 1917 
День окончания 14 
Месяц окончания 8 
Евгений Сергеевич находился под стражей в Царском Селе вместе с Царской семьей.
На какое-то время он был отпущен в связи с болезнью невестки.
В это время Боткин стал для царственных узников больше, чем другом: он взял
на себя обязанность был посредником между Императорской семьей и комиссарами,
ходатайствуя обо всех их нуждах.
Когда Царскую семью было решено перевезти в Тобольск, доктор Боткин оказался
среди немногих приближенных, которые добровольно последовали за государем
в ссылку
Тобольск 
Год начала 1914 
День начала 19 
Месяц начала 8 
Год окончания 1918 
День окончания 26 
Месяц окончания 4 
Письма Е.С.Боткина из Тобольска поражают своим подлинно христианским настроением:
ни слова ропота, осуждения, недовольства или обиды, но благодушие и даже радость.
Источником этого благодушия была твердая вера во всеблагой Промысл Божий:
   "Поддерживает только молитва и горячее безграничное упование на милость
    Божию, неизменно нашим Небесным Отцом на нас изливаемую".

В это время он продолжал выполнять свои обязанности: лечил не только членов
Царской семьи, но и простых горожан. Ученый, много лет общавшийся с научной,
медицинской, административной элитой России, он смиренно служил, как
земский или городской врач, простым крестьянам, солдатам, рабочим.
В апреле 1918г. доктор Боткин вызвался сопровождать царскую чету в Екатеринбург,
оставив в Тобольске своих родных детей, которых горячо и нежно любил.
Дочь Боткина вспоминала об отъезде своего отца из Тобольска:
   "О докторах не было никаких распоряжений, но еще в самом начале, услыхав,
    что их Величества едут, мой отец объявил, что он поедет с ними. "А как
    же Ваши дети?" — спросила ее Величество, зная наши отношения и те
    ужасные беспокойства, которые мой отец переживал всегда в разлуке с нами.
    На это мой отец ответил, что на первом месте для него стоят интересы
    их Величеств. Ее Величество до слез была тронута и особенно благодарила"