Места заключения
Екатеринбург 
Год начала 1918 
День начала 30 
Месяц начала 4 
Год окончания 1918 
День окончания 17 
Месяц окончания 7 
В Екатеринбурге большевики снова предложили слугам покинуть арестованных,
но все отказались. Чекист И.Радзинский сообщал:
   "Вообще одно время после перевода в Екатеринбург была мысль отделить от них
    всех, в частности даже дочерям предлагали уехать. Но все отказались.
    Боткину предлагали. Он заявил, что хочет разделить участь семьи. И отказался".

В Екатеринбурге через Боткина шли переговоры с тюремщиками из охраны дома
Ипатьева и исполкомом Уралоблсовета.
Кроме помощи Царской Семье, Евгений Сергеевич оказывал медицинскую помощь и всем,
кто к нему обращался в местах его заключения.
В своем последнем письме к своему другу из заключения доктор Боткин писал:
    "...Вообще, если "Вера без дел мертва", то и дела без веры могут существовать,
     и если кому из нас к делам присоединялась вера, то это уже по особой милости
     Божией. Одним из таких счастливцев, путем тяжелого испытания... оказался я...
     и в каждом деле я заботился не только "о курсовом", но и "о Господнем".
     Это оправдывает и последнее мое решение, когда я не поколебался покинуть
     своих детей круглыми сиротами, чтобы исполнить свой врачебный долг до конца..."

В ночь с 16 на 17 июля 1918г. Царская семья, их приближенные, в том числе
и доктор Боткин, были расстреляны в подвале дома Ипатьева.
За несколько лет до своей кончины Евгений Сергеевич получил титул потомственного
дворянина. Для своего герба он выбрал девиз:
       "Верою, верностью, трудом".
В этих словах как бы сконцентрировались все жизненные идеалы и устремления
доктора Боткина. Глубокое внутреннее благочестие, самое главное — жертвенное
служение ближнему, непоколебимая преданность Царской семье и верность Богу
и Его заповедям во всех обстоятельствах, верность до смерти.
Такую верность Господь приемлет как чистую жертву и дает за нее высшую,
небесную награду:
    Будь верен до смерти, и дам тебе венец жизни (Откр. 2, 10)