Родился в г.Грива, пригороде г.Двинска (по-латышски Даугавпилс, Латгалия)
в семье строителя Владимира Петровича Начиса и его супруги Надежды Даниловны,
урожденной Литвинской.
Предки его по отцовской линии происходили из крестьян Жмудецкой волости
Вилкомирского уезда Ковенской губ., по материнской линии — из хутора Плиекшаны
Курляндской губ.
В семье Начисов было четверо сыновей — Александр (1908г.р., погиб на фронте
в 1941гг.), Петр (1910г.р.), Иаков (1912–1991гг.) и Леонид — самый младший.
Семья была очень церковной. Александр, Иаков и Леонид избрали путь священства.
Отец, Владимир Петрович, был членом церковного совета Гривской церкви.
Под воздействием церковного уклада жизни в семье и под влиянием пастырей,
служивших в Двинских храмах (архимандрит Кирилл помнил также совершавшееся
в его раннем детстве архиерейское богослужение в их Гривском храме, совершавшееся
архиепископом Рижским Иоанном (Поммером)) происходило воцерковление отрока.
Когда Леониду исполнилось шесть лет, началось его церковное служение:
в праздник св.Георгия Победоносца он был приведен старшим братом Иаковом в
алтарь, подавал за богослужением священнику кадило и выносил свечу.
Окончил Основную русскую школу г.Гривы (бывшая учительская семинарию, позже,
с 1933г. —  Правительственная школа) и Двинскую правительственную Русскую
гимназию (1933–1938гг.).
В годы учебы в школе и гимназии Леонид помогал своему родственнику священнику
Николаю Жунде и брату Иакову, служившему регентом и псаломщиком в военном
храме Двинской крепости при совершении богослужений.
Они, а также служившие в Двинске прот.Иоанн Крампис, о.Августин Петерсон
(впоследствии митрополит Рижский), прот.Савва Трубицын — настоятель Гривской
оказали огромное духовное влияние на отрока.
Неоценимую роль в его духовном формировании сыграли также жившие в Двинске и
приезжавшие туда участники РСХД и Русского Студенческого Православного
Единения (РСПЕ), среди которых было немало замечательных пастырей, в их
числе иеромонах Иоанн (Шаховской), впоследствии архиепископ Сан-Францисский,
рижский протоиерей Кирилл Зайц и др.
Леонид Начис участвовал в собраниях и кружках Двинского отделения РСХД,
действовавшего при Александро-Невском соборе.
В 1938г. принимал участие в съезде РСХД в Эстонии, проходившем в
мест.Карэпере под Таллином, где, по воспоминаниям архимандрита Кирилла:
    "Каждый день совершались богослужения, читались доклады, которые живо
     обсуждались, мы вовлекались в дискуссии на темы религиозной жизни и
     современности. Все завершалось исповедью и причастием. Сколько новых
     знакомств, интересных людей, какое важное общение, через которое мы
     входили в церковную жизнь...".

Широкая деятельность Движения была в Латвии свернута в 1934г. в связи с
изменением государственного строя