Родился в православной семье каменщика, представителя небольшой южноэстонской
народности сету. Отец был человеком благочестивым, кормившим по праздникам
местных нищих, предоставлявшим ночлег странникам-богомольцам. Сестра отца,
монахиня Ювеналия, подвизалась в Иоанно-Предтеченском монастыре в Пскове. С
шести лет Николай начал прислуживать в церкви, с восьми — уже читал наизусть
шестопсалмие. Он окончил трехгодичную школу, а потом Министерскую школу