Осуждения
тройка при УНКВД по Калининской обл. 
31/08/1937 
Обвинение "вел активную контрреволюционную агитацию против мероприятий соввласти и распространял провокационные слухи контрреволюционного характера" 
Статья ст.58–10,58–11 УК РСФСР 
Приговор высшая мера наказания — расстрел 
Основные преступления, в которых обвинялся владыка Иоанн, были изложены в обвинительном
заключении:
    "Следствием установлено, что Троянский Иван Ефимович враждебно настроен
     по отношению к советской власти, систематически проводил контрреволюционную
     агитацию, направленную против мероприятий советской власти.
     Организовал у себя на дому нелегальную церковь, где дважды каждый день проводится
     служба с присутствием населения.
     Ходя по церквям своей епархии, произносит к/р проповеди.
     С целью вербовки населения детского возраста в церковь систематически
     находясь в той или иной церкви, раздавал детям конфеты и печенье.
     Произносил проповеди вне стен церкви, возглавляет реакционно-настроенное
     духовенство, с которым вместе занимается контрреволюционной агитацией".

Обвинительное заключение было составлено на основе одного допроса обвиняемого,
который действительно признался, что "давал детям конфеты, потому что детей ему
было жалко". Признал, что "действительно регулярно посещал, как правящий епископ,
поочередно церкви своей епархии". Что "действительно на своей квартире проводил
чтение вечерних и утренних молитв", что "иногда на чтение молитв приходил кто-нибудь из
соседей".

Из протокола допроса:

    "— Ваши взгляды на обновленчество?

     — По каноническим правилам обновленчество это еретиканство.
       Обновленчество возникло давно, оно борется за введение новшеств в жизнь
       духовенства, безусловно Православная Церковь с обновленчеством борется.

     — Ваше личное влияние на обновленчество?

     — Личного влияния на обновленчество мною не проявлялось, тем не менее
       за последнее время по Велико-Лукской епархии прибавилось 4 церкви
       тихоновской ориентации за счет обновленчества".

Каких-либо показаний о своей "контрреволюционной деятельности" владыка Иоанн
не дал и два привлеченных свидетеля из бывших священников-обновленцев никаких
точно примеров контрреволюционной деятельности архиерея привести внятно не смогли,
несмотря на это тройка вынесла самое суровое решение — расстрел