Родился в глубоко религиозной крестьянской семье ("религиозно-фанатической",
как позже указывалось в документах ОГПУ).
Родители имели небольшой надел земли и, чтобы прокормиться, в течение двух лет
вынуждены были по весне отдавать четырех еще малолетних сыновей, в их числе и
Федора, в работники. На заработанные ими средства и деньги, вырученные от продажи зерна
скота, Михаил Ваганов покупал землю и постепенно, тяжелым трудом, ему удалось
ко времени революции создать крепкое хозяйство.
В 1894г. Федор окончил курс земского училища в с.Большой Куганак Стерлитамакского уезда.
Затем крестьянствовал.
Женился (жену, предположительно, звали Саломия).
Впоследствии в семье родилось шестеро детей.
Старшей из детей была дочь Анна (1901г.р.), пострадавшая за веру в годы гонений