Служение
Сарапульская епархия 
архиепископ 
Должность архиепископ Сарапульский, управляющий приходами Удмуртской АССР 
Год начала 1943 
День начала 15 
Месяц начала 7 
Год окончания 1943 
День окончания 19 
Месяц окончания 11 
Обратился к Патриаршему Местоблюстителю митрополиту Сергию (Страгородскому)
с просьбой о перемещении архиерейской кафедры в Ижевск в связи с более удобным
расположением города относительно православных приходов Удмуртии.
8 сентября 1943г. участвовал как архиепископ Сарапульский в деяниях Архиерейского
Поместного Собора, избравшего Патриархом митрополита Сергия (Страгородского).
17 сентября 1943г. после Собора приехал в Сарапул.
23 сентября 1943г. выехал в Ижевск для регистрации
Ижевская епархия 
архиепископ 
Должность архиепископ Ижевский и Удмуртский, в.у. Уфимской епархией (с 26.05.1944г.) 
Год начала 1943 
День начала 19 
Месяц начала 11 
Год окончания 1945 
День окончания 14 
Месяц окончания 2 
19 ноября 1943г. был переведен в Ижевск, столицу Удмуртской АССР.
Архиепископ Иоанн был переведен в Ижевск с изменением титула на Ижевский и Удмуртский
Служил в Успенской церкви — единственном действующем храме в Ижевске, возвращенном
в годы войны из обновленчества.
Его стараниями в епархии к 1945г. действовали 19 храмов.
В годы войны составлял и произносил патриотические проповеди, организовал
в епархиях Удмуртской и Уфимской сбор пожертвований деньгами и вещами на
военные нужды, выполнял канцелярскую работу и отчетность в этих пожертвованиях.
С 26 мая 1944г. временно управлял Уфимской епархией.
31 января — 2 февраля 1945г. участвовал в заседании Поместного Собора Русской
Православной Церкви.
14 февраля 1945г. был переведен на Уфимскую кафедру